1246-1265 هجرية – 1830-1848م
ظلت القلعة منذ أنشأهاصلاح الدين الأيوبى مقرا للحكم فى الدولة الأيوبية ودولة المماليك ، وفى عهد الولاةالعثمانيين ثم فى عهد الأسرة العلوية ، واستمرت كذلك إلى عصر المغفور له الخديوإسماعيل حيث اتخذ قصر عابدين مقرا للملك .
وقد أخذ المغفور له محمد علىالكبير رأس الأسرة العلوية ومؤسس مصر الحديثة ، بعد أن قام بإصلاح أسوار القلعة ، وفىإنشاء القصور والمدارس ودواوين الحكومة بها ، وتوج منشآته هذه بإنشاء مسجده العظيمالذى يشرف على مدينة القاهرة بقبابه ومآذنه رمز للعزة والسؤدد .
وقد شرع فى إنشائهسنة 1246 هجرية – 1830م على أطلال أبنية قديمة مخلفة من مبانى المماليك وتمت عمارتهفى سنة 1265 هجرية – 1848م ، وفى عهد المغفور له عباس باشا الأول تمت نقوشه وزخارفه ،وقد بنى هذا المسجد على نسق المساجد العثمانية المشيدة فى إستانبول ، وتخطيطه مربع الشكل طول ضلعه 41 مترا ، تغطيه فى الوسط قبة كبيرة قطرها 21 مترا وارتفاعها 52 مترامحمولة على أربعة عقود كبيرة مرتكزة على أربعة أكتاف ضخمة ، وحول هذه القبة أربعةأنصاف قباب ، فى كل جهة نصف قبة ، وتغطى أركان المسجد أربع قباب صغيرة ، ذلك عدا نصفقبة أخرى تغطى بروز القبلة الناتىء من الجنب الشرقى للمسجد ، ويكسو جدرانه من الداخلوالأكتاف الأربعة بارتفاع 11.30 متر كسوة من المرمر تعلوها نقوش ملونة ، ويحلىالقباب وأنصاف القبة زخارف بارزة منقوشة ومذهبة ، وفى الجهة الغربية من المسجد تقومدكة المبلغ وهى محولة على أعمدة وعقود من المرمر ، واتخذ درابزينها ودرابزينات ممراتالقباب من البرنز المشغول ، وفى الركن الغربى القبلى منه يقع قبر المغفور له محمدعلى الكبير تعلوه تركيبة رخامية مدقوق بها زخارف وكتابات جميلة ، ويحيط به مقصورة منالبرنز المشغول بشكل بديع ، أمر بعملها المغفور له عباس باشا الأول ، والمنبر الأصلىللمسجد هو المنبر الكبير المصنوع من الخشب المحلى بزخارف مذهبة ، أما المنبر المرمرىالصغير الواقع إلى يسار المحراب ، فقد أمر بعمله الملك فاروق فىسنة 1358 هجرية – 1939م .
ويضاء المسجد بالثريات البلورية الجميلة تحيط بها مشكاواتزجاجية نسقت بأشكال بديعة ، ويقوم على طرفى الجنب الغربى للمسجد منارتان رشيقتان أسطوانيتا الشكل بنيتا أيضا على طراز المآذن التركية ، وارتفاع كل منهما 82 مترا منالأرض .
وللمسجد ثلاثة أبواب أحدها فى منتصف الجانب البحرى ، والثانى فى مقابله فىمنتصف الجانبالقبلى ، والثالث فى منتصف الجانب الغربى ، ويؤدى إلى صحن متسع مساحته 53فى 53 مترا يغلف جدرانه كسوة من المرمر ، ويحيط به أربعة أروقة عقودها وأعمدتها منالمرمر أيضا ، وبوسطه مكان الوضوء وهو عبارة عن قبة محمولة على ثمانية أعمدة لهارفرف محلى بزخارف بارزة مذهبة ، كما أن باطن القبة محلى بنقوش ملونة ومذهبة تمثلمناظر طبيعية ، والقبة مكسوة كقباب المسجد بألواح من الرصاص وبأسفلها صهريج المياهوهو مثمن تغطيه قبة صنعت جميعها من المرمر المدقوق بزخارف بارزة ، ويقوم أعلى منتصفالرواق الغربى للصحن برج من النحاس المزخرف بداخله ساعة دقاقة أهداها ملك فرنسالويس فليب إلى المغفور له محمد على سنة 1845 .